Die botanische Arbeitsgemeinschaft beschäftigt sich mit der Erforschung der Flora des Osnabrücker Landes. Von Frühjahr bis Herbst werden regelmäßig Kartierexkursionen durchgeführt. Die Ergebnisse der Kartierarbeiten werden in den Osnabrücker Naturwissenschaftlichen Mitteilungen veröffentlicht. Eine weitere Aufgabe der Botanischen Arbeitsgemeinschaft besteht in der Sicherung und Digitalisierung von Herbarien aus der Region. Ein aktuelles Projekt beschäftigt sich mit dem Nachlass des Tierarztes J. H. Horst (1777-1863) aus Hunteburg.
Das übergeordnete Ziel der Arbeit der Botanischen Arbeitsgemeinschaft ist die Bereitstellung einer Datengrundlage als Beitrag zum Schutz und zur Erhaltung der in der Region natürlich gewachsenen Biodiversität. Eine regelmäßige Überprüfung von Wuchsorten regional und/oder überregional bedeutsamer Pflanzenpopulationen ist Voraussetzung für die Erarbeitung effektiver Schutz- und Erhaltungsmaßnahmen. Sie dient insbesondere der Prioritätensetzung und der Evaluation der Maßnahmen des Flächennaturschutzes.